Crysis 3 چهارمین و آخرین قسمت از سری Crysis است که در 19 فوریه 2013 در آمریکای شمالی و 21 فوریه در اروپا منتشر شد. این بازی با استفاده از CryENGINE 3 ساخته و توسط Electronic Arts منتشر شد. بر خلاف عناوین قبلی در این عنوان سلاح جدیدی بنام “Predator Bow” معرفی شده که با 4 نوع پیکان متفاوت با قابلیت های خاص در آن به کار رفته است که استفاده از آن واقعا لذت بخش بوده و باعث میشود بیشتر دست به مخفی کاری بزنید و مشغول شکار شوید.

پس از وقایع Crysis 2، شخصیت Prophet که در لباس نانو او ذخیره شده بود، کنترل بدن آلکاتراز را بدست آورده و آنرا کنترل می کند. او با پیوستن به Psycho و تیمی از سربازان نخبه Nanosuit، به سرتاسر جهان سفر می کند و به دنبال آلفا Ceph از دانشی که در مورد وجود Ceph در جریان رویدادهای جزایر Lingshan به دست آورده است، می گردد. تیم او یکی پس از دیگری علاقه خود را به شکار از دست می دهد و معتقد است که تمام Ceph ها نابود شده اند، تا اینکه Prophet و Psycho سرانجام ردپایی از آلفا Ceph را در سیبری، پیدا می کنند که فقط توسط C.E.L.L متوقف خواهد شد. با استفاده از K-Volts C.E.L.L که اکنون در جستجوی تسلط جهانی بر زمین و فناوری است، به تمام سربازان باقیمانده Nanosuit خیانت می کند و شروع به کندن بدن آنها از لباس هایشان می کند تا این فناوری بیگانه را بازیابی کند و از آنها بگیرد. همه افرادی که در برنامه Nanosuit شرکت داشتند یا به C.E.L.L پیوستند و یا بازداشت شدند، از جمله دانشمندان Nathan Gould و Claire Fontanelli. وقتی سربازان دارای Nanosuit به اتمام میرسند در خواست میشود Prophet به این مرکز انتقال داده شود. Prophet که در یک دستگاه ذخیره‌سازی با شوک‌های قدرتمند EMP نگه داری می شود، توسط C.E.L.L به نانودام در شهر نیویورک منتقل می‌شود.

با این حال، Karl Ernst Rasch از قصد شوم C.E.L.L مطلع می شود. و از سمت مدیرعاملی Hargreave-Rasch Biotechnologies استعفا می دهد، تمام تحقیقات انجام شده توسط او و Hargreave از Ceph Technology را حذف می کند تا C.E.L.L را متوقف کند. او مخفیانه یک ویدیوی مختصر از محل اختفای Prophet منتشر می کند، همچنین سناریوی  پس حمله ی به نیویورک و تکامل Ceph را شرح می دهد و از نیروهای مقاومت تقاضا می کند تا Prophet را پیدا و آزاد کنند، چراکه فقط اوست که می تواند C.E.L.L را متوقف کند. و به انگیزه های فاسد آنها پایان دهد و سپس به نیروی مقاومت می پیوندد. اعضای گروه مقاومت، از جمله سربازان سابق نانو پوش : Psycho، Lazy Dan و Bandit این توانایی را دارند تا Prophet را از کشتی حمل‌ونقل که در نانودام نیویورک پهلو گرفته است، آزاد کنند.