داستان بازی Far Cry 6 در جزیره‌ای خیالی به نام یارا (Yara) در دریای کارائیب روایت می‌شود. دنیای این بازی از وضعیت جمهوری کوبا، تحریم‌ها و رکود اقتصادی این کشور به همراه انقلابی که از سال ۱۳۳۲ تا ۱۳۳۷ (۱۹۵۳ تا ۱۹۵۹ میلادی) به وقوع پیوست، الهام گرفته شده است.

شما در این عنوان کنترل شخصیتی به نام دانی (Dani) را بر عهده دارید. او که دوران بچگی‌اش را بدون پدر و مادر و به همراه دوستانش در محله‌های فقیر‌نشین منطقه‌ی اسپرانزا (Esperanza) سپری کرده، هم‌اکنون در حال تلاش برای فرار از یارا و پناهنده شدن به کشور آمریکا است، اما پس از این‌که مرگ دوستان دوران کودکی‌اش را به چشم می‌بیند و بعد از آشنایی با کلارا (Clara)، رهبر گروه آزادی‌خواه لیبرتاد (Libertad) نظرش تغییر کرده و به جنبش مردمی علیه دولت دیکتاتور حاکم بر یارا می‌پیوندد.

جالب است بدانید که از مصاحبه هایی که با طراحان بازی فارکرای 6 صورت گرفته این سازندگان گفته اند برای تجربه بهتر در این سری از بازی ما تمامی تلاش خودمان را انجام دادیم و از جنگ‌های چریکی و انقلاب کوبا الهاماتی را دریافت کرده ایم و باید گفت تیمی که مشغول نوشتن داستان بوده اند برای درک بهتر موضوع به دنبال مبارزان و انقلابیون کوبایی متعلق به دهه‌های 1950 و 1960 رفته اند. با تمامی این ویژگی ها سازندگان قصد ندارند تا مسیر بازی را به سمت حوزه‌های فرهنگ و سرگرمی ویدئویی پیش ببرند.

با وجود یکسری از شایعات و اطلاعات گفته شده که بازیکنان میتوانند در طول بازی برای انجام یکسری ماموریت ها از شخصیت های منفی نسخه های قبلی بازی استفاده کند میتواند یکی از تحولات بازی محسوب شود که همین موضوع میتواند باعث محبوبیت چند برابری این نسخه از بازی نیز شود چراکه گفته شده شخصیت های منفی که در نسخه های قبلی بازی حضور داشته اند دارای محبوبیت زیادی بین طرفداران بازی فارکرای هستند.