Tom Clancy's Splinter Cell از جمله داستان‌ها و بازی‌هایی است که به صورت سریالی ساخته شده و ادامه یافته است. در Splinter Cell: Double Agent که در سال 2006 ارائه شد، با توجه به پلتفرم‌های مختلف، چند خط داستانی برای آن در نظر گرفته شده است که همه آن‌ها تقریبا از ابتدا با داستان مامور مخفی آغاز می‌شود که دختر خود را در حادثه رانندگی از دست داده است و بسیار از نظر روحی تحت فشار است اما باید عملیات‌های جاسوسی، مخفیانه و نفوذی را انجام دهد. از لحاظ داستانی در حالت Single Player تمامی عناصر مورد نیاز برای یک بازی مخفیانه که مورد انتظار است پیاده سازی شده و سعی شده است که گرافیک بازی با توجه به این نوع از داستان پردازی تا حد مطلوبی بالا باشد. Sam Fisher شخصیت اصلی داستان همواره باید انتخاب‌هایی سخت را انجام داده و بازیکن باید با او و وضعیتش در بازی آشنا باشد تا بتواند در بازی پیشروی کند. 

در سپتامبر 2007، Sam Fisher و مامور تازه کار، John Hodge، برای بررسی فعالیت های مشکوک در یک نیروگاه هسته ای، که ماموریت آموزشی جان نیز می باشد، به ایسلند منتقل شدند. پس از جلوگیری از حمله موشکی تروریست ها که طی آن Hodge کشته می شود، با سرهنگ Irving Lambert در V-22 Osprey ملاقات می کند که خبر بدی دارد: سارا فیشر، تنها فرزند سام، پس از تصادف با یک راننده مست جان خود را از دست داده است. غم و اندوه او را از فعالیت معلق می کند.

Lambert به او پیشنهاد شغلی به عنوان یک مامور غیررسمی مخفی را می دهد، با این امید که به او کمک کند تمرکزش را مجدد بدست آورد. NSA چندین سرقت و قتل بانک را ترتیب می دهد تا موقعیت برای نفوذ Fisher به یک سازمان تروریستی داخلی به نام ارتش جان براون (JBA) فراهم شود. او توسط CIA برنامه ریزی شده است که به زندان الزورث در کانزاس فرستاده شود، جایی که او در همان سلولی قرار می گیرد که Jamie Washington، یکی از اعضای JBA، شروع به حفر یک تونل برای فرار می کند. در فوریه 2008، فیشر به واشنگتن کمک می کند تا فرار کند و خودش به JBA راه پیدا می کند.

Emile Dufraisne، رهبر JBA، به Sam دستور شلیک به Cole Yeager، خلبان هلیکوپتری که برای فرار از زندان استفاده می‌شد، می‌دهد و بر موقعیت فیشر بین JBA و NSA تأثیر می‌گذارد. او سپس به مأموریتی فرستاده می شود تا یک نفتکش روسی را در دریای Okhotsk تصاحب کند، در حالی که تماس رادیویی از Enrica Villablanca، کارشناس تسلیحات JBA دریافت می کند. سام باید تانکر را تحویل بگیرد تا متحد JBA، یعنی Massoud Ibn-Yussif بتواند از آن برای تحویل یکی از بمب های Emile استفاده کند.

به محض اینکه کار فیشر تمام می شود، او را به سرعت به هتل جین مائو در شانگهای می برند. Hisham Hamza، مأمور CIA، که در سازمان Yussif's نفوذ کرده است، به او دستور می دهد که ملاقات بین Emile و دانشمند هسته ای پاکستانی، Dr. Aswat، را ضبط کند. در این جلسه، Aswat به Emile چندین کیلوگرم جیوه قرمز می فروشد، مواد منفجره ای که می تواند مانند یک بمب هسته ای عمل کند. در حالی که Third Echelon در حالت آماده باش است، به فیشر گفته می شود که نمونه ای از گاوصندوق در اتاق جلسه بدست آورد. در همین حال، Carson Moss، رئیس امنیت JBA، روی بیسیم به او دستور می دهد تا یادداشت هایی را از اتاق هتل Aswat سرقت کند. سپس NSA دستور ترور Aswat را صادر می کند. این مامور همینطور در جریان بازی بصورت یک مامور دو جانبه که در خدمت هر دو جناح است، دستوراتی را اجرا می کند.